Osmanlı Devleti padişahı II. Mehmed adına kurulan müessir ilk Osmanlı Üniversitesi olan Fatih Medresesinin (Sahn-ı Seman) kuruluş akademik müfredatını kaleme aldı.

Hoca Sinan Paşa, Molla Lütfi, Mirim Çelebi (Mahmud B. Muhammed B. Musa Kadızade), gibi alimler onun derslerinde bulundular ve yetiştiler.

Ali Kuşçu'nun soyundan olanlar 18. yüzyılın sonlarına kadar Osmanlı Devletinde önemli devlet görevlerinde bulundular. Torunlarından olan Ebussuud Efendi ve Mirim Çelebi ile onların çocukları şeyhülislam, kazasker, müderris gibi görevlere gelmişlerdir.

Ali Kuşçudan sonra Osmanlı Türkçesi dil olarak tüm islam dünyası için bilim dili olmuştur. Farsça ve Arapça önemini bu dönemden sonra kaybetmiştir.

Risale Fi'Hey'e: (1457 yılında Semerkand'da, Farsça olarak yazmıştır) Osmanlı İstanbul Mühendishanesinde (İstanbul Teknik Üniversitesi) XIX. yüzyıl başlarına kadar temel ders kitabı olarak okutulmuştur.

Osmanlı Medreselerinde matematik ve diğer fen bilimleri derslerinin okutulmasında önemli rolü olmuştur.